Yozgat Müzesi, bugünkü Bozok Üniversitesi Rektörlük Binası’nın bahçesinde bulunan tek katlı binada 1970 li yıllarının ortasında Yozgat Müze Memurluğu olarak çalışmalarına başlamış ve Müze Müdürlüğünün çekirdeği oluşturulmuştur.

       Yozgat Merkez İstanbulluoğlu mahallesinde yer alan Nizamoğlu Konağı, 1871 tarihinde yapılmış, uzun yıllar konut olarak kullanılmış, bir müddet Kız Sanat Okulu, bir dönem de Tekel Deposu olarak hizmet vermiştir.1975 yılında korunması gerekli kültür varlığı olarak tescillenen bina, Kültür Bakanlığına tahsis edilerek 1979 yılında kamulaştırılıp büyük bir onarım sonrası 1985 yılında Müze olarak hizmete girmiştir. Müzeye ait bahçe içerisinde iki bina bulunmaktadır. Bu binalardan biri idari, diğeri ise eserlerin teşhir edildiği Müze binasıdır. 1985 yılında "Yozgat Etnoğrafya Müzesi" olarak halkımızın hizmetine sunulmuştur.

Müzede yoğun olarak, etnoğrafik eserler sergilenirken, arkeolojik eserler ise müze bahçesinde sergilenmektedir.