Mercimektepe höyüğünde Anadolu Medeniyetleri Müzesi ve Kayseri Müzesi işbirliği ile 26 Haziran - 1 Temmuz 1975 tarihleri arasında bir sondaj çalışması yapılmıştır. Levent Zoroğlu başkanlığında yapılan sondaj çalışmaları sonunda kap kacak parçaları, insan iskeleti, hayvan kemikleri, orak vs. bulunmuştur.

       Daha sonra Yozgat Müze Müdürü Musa ÖZCAN başkanlığında, 1986–1987, 1991 – 1992 ve 1993 – 1994 yılları arasında kurtarma kazısı çalışmaları yapılmıştır. Bu çalışmalar sırasında da çok sayıda pişmiş toprak mutfak kapları, ağırlıklar, ağırşaklar, dokuma askıları, küp mezarlar ve iskeletler, ocaklar v.b. eserler bulunmuştur. Ayrıca ele geçirilen kırmızı ve boz perdah üzerinde siyah ve kırmızı boya ile geometrik desenlerle motiflendirilmiş seramik parçalarının Alacahöyük, Kuşsarayı ve Alişar Höyük’te bulunan seramik parçaları ile çağdaş oldukları tahmin edilmektedir.